L'histoire d'Advent Children commence deux ans après les évènements de Final Fantasy VII. L'énergie vitale de la planète avait empêché l'écrasement de la comète de Séphiroth, et permis à l'humanité de perdurer. Mais tout n'a pas eu une fin heureuse. La Geostigma, une maladie mortelle provenant de cette même énergie, contamine la population sans frein. Cloud Strife, devenu coursier, est lui-même atteint, mais un mal encore plus grand le ronge depuis la perte d'Aeris. Sous ces cieux inhospitaliers, une grave menace se profile à l'horizon : trois êtres aux pouvoirs phénoménaux, connectés à Cloud et à Séphiroth par des liens très flous, se sont mis à la recherche des restes de Genova, la « mère », semant la destruction sur leur passage ...
